Trois ans se sont écoulés depuis la défaite des Ori. Les terriens ne sont toujours pas au courant de l’existence du projet portes des Etoiles mais les gouvernements peinent de plus en plus à colmater les fuites d’information. La galaxie semble en paix. Les missions d’exploration continuent, mais cette fois, elles accueillent au sein des équipes, des alliés de d’autres races issues des différentes alliances. Bien que les super-portes Ori soient définitivement fermées, on signale à leurs anciens emplacements, d’importantes fluctuations d’énergie. Si bien que très vite, les étoiles environnantes s’affaissent et se transforment en trou noir. Les Ancients, ayant manqué de peu leur annihilation, décident alors de réactiver un ancien artefact sur une planète lointaine. Mais tout ne se passe pas comme prévu, l’artefact ouvre une faille dimensionnelle telle une plaie béante et gagne du terrain rapidement. Les Ancients parviennent à la faire fermer grâce à SG1 et à leurs alliés mais le mal est fait.

Des espions Tok’ra signalent l’apparition de nouveaux vaisseaux Goa’Uld qui n’appartiennent à aucune coalition Jaffa. Le doute s’installe : et si les Faux-Dieux n’avaient pas tous été anéantis ?